Początki Instytutu wiążą się z osobą śp. ks. prof. dr. hab. Antoniego Lewka (1940-2010), kapłana Archidiecezji Poznańskiej, homilety, profesora Akademii Teologii Katolickiej (ATK). Jako główne źródło inspiracji nowej specjalności studiów na Wydziale Teologicznym ATK, łączących przedmioty teologiczne z dziennikarskimi, wskazywał nauczanie Soboru Watykańskiego II. Według niego takich studiów potrzebuje zarówno Kościół w Polsce i na świecie, jak i sami studenci Wydziału Teologicznego.
25 maja 1992 r., Senat ATK zaaprobował powołanie nowej specjalności: teologii środków społecznego przekazu. Były to jednolite pięcioletnie studia magisterskie na kierunku teologia. Do 2002 r., w ramach Wydziału Teologicznego ATK istniała Sekcja Teologii Środków Społecznego Przekazu. Początkowo nie miała ona wyodrębnionych katedr ani zakładów. W związku z przekształceniem Akademii Teologii Katolickiej w Uniwersytet Kardynała Stefana Wyszyńskiego w Warszawie (1999 r.) i uchwaleniem nowego Statutu uczelni w 2002 r., Sekcja została przekształcona w Instytut Edukacji Medialnej i Dziennikarstwa, złożony z trzech katedr: Teologii Środków Społecznego Przekazu, Pedagogiki Mediów oraz Prakseologii Dziennikarskiej.
W tej formie Instytut przetrwał do 2013 r., kiedy to nastąpiła jego reorganizacja. Wówczas w skład Instytutu wchodziło 5 katedr: Teologii Środków Społecznego Przekazu, Edukacji Medialnej i Języka Mediów, Teorii, Aksjologii i Prawa Mediów, Public Relations i Komunikacji Marketingowej, Internetu i Komunikacji Cyfrowej. Od 1 lutego 2019 r. Instytut liczył 6 katedr. 1 stycznia 2020 r. przyniósł nową ich reformę. Aktualna struktura katedr Instytutu prezentuje się następująco.
26 lutego 2009 r. Senat UKSW utworzył na Wydziale Teologicznym trzyletnie studia licencjackie na kierunku dziennikarstwo i komunikacja społeczna. Pierwsi studenci tego kierunku przekroczyli progi UKSW w dniu 1 października 2010 r. Chwili tej jednak nie dożył twórca Instytutu – ks. prof. Lewek zmarł bowiem niespodziewanie po krótkiej, lecz ciężkiej chorobie w Katowicach, w dniu 18 lipca 2010 r. Jego następcą został mianowany ks. dr Andrzej Adamski, który pełnił tę funkcję do 30 września 2016 r. Od 1 października 2016 r. do 30 września 2018 r. dyrektorem był prof. dr hab. Jerzy Olędzki. Od 1 października 2018 r. do 30 września 2023 r. był nim prof. ucz. dr hab. Grzegorz Łęcicki. Obecnie jest nim - od 1 października 2023 r. ks. prof. ucz. dr hab. Krzysztof Stępniak. Organem doradczym dyrektora była Rada Instytutu, od roku akademickiego 2019/2020 przemianowana na Radę Dyscypliny Naukowej nauk o komunikacji społecznej i mediach.